L'histoire se situe dans un monde peuplé de ninjas, on y trouve plusieurs villages dont celui de Konoha (La Feuille Cachée). Dans ce village, notre jeune héro nommé Naruto est un étudiant de l'académie de ninjas. Sa simplicité et sa turbulence n'ont d'égaux que le nombre de ses échecs lors des examens de fin d'année.
Venant d'échouer pour la troisième fois consécutive, son moral est au plus bas. Profitant de ce moment de faiblesse un de ses professeurs nommé Mizuki incite notre héro à voler un rouleau contenant des techniques interdites. Tous les professeurs partent à sa recherche. Son tuteur et professeur Iruka le trouve en premier et réalise alors que Naruto a été dupé. Un combat éclate entre nos deux professeurs, Naruto pris de panique hésite à porter secours à Iruka ou à fuir avec le précieux rouleau. Mizuki révèle alors la terrible vérité sur le passé de notre héro.
Douze ans auparavant le village Konoha fut attaqué par un démon renard à neuf queues et plusieurs ninjas y perdirent leur vie. Le Quatrième Hokage (ninja le plus puissant et chef du village) se sacrifia afin de sceller le démon dans le corps de Naruto.
Bouleverser par la vérité celui-ci prendra alors la fuite mais reviendra plus tard afin de sauver Iruka et mettre hors d'état de nuir Mizuki. Le courage et la valeur de Naruto lors de cet évènement pousseront Iruka à lui accorder le titre de Genin.
Une nouvelle étape dans l'apprentissage de la voie des ninjas va enfin commencer pour notre héro. Les Genins sont réunis par groupes de trois, chacun de ces groupes est confié à un professeur. Ainsi Naruto fera équipe avec Sakura, une ninja jolie et intelligente, et Sasuke, le meilleur ninja de la promotion. Ensemble ils surmonteront de nombreuses épreuves notamment grâce aux conseils de leurs professeur Kakashi
